É isso mesmo! Recentemente atualizei meu FreeBSD 10.0-CURRENT e ao fazer no /usr/src:

# make delete-old

Fui agraciado com a remoção completa do antigo formato pois agora o oficial passa à ser somente o PKGNG que ao meu ver é muito melhor. 

Para aqueles que ainda não mudaram para o novo formato é muito simples:

Primeiro instalem o port ports-mgmt/pkg e depois rodem o comando:

# pkg2ng

Em versões anteriores à 10.0-CURRENT adicione a linha abaixo no seu /etc/make.conf para ter certeza que será usado somente o pkgng daqui pra frente:

WITH_PKGNG= yes

Esse comando irá converter toda a base antiga para a nova. Não tem volta! Ok?

Mais informações podem ser vistas aqui.