É isso mesmo pessoal, MD5 foi durante muito tempo o padrão de hash para as senhas do sistema. Muitos sistemas ainda usam o MD5 mas agora com a versão 9.1-PRERELEASE e provavelmente a 9.1-RELEASE o padrão passará à ser o SHA512 que é muito mais robusto e seguro que seu antecessor.

Para aqueles que atualizarem o sistema para 9-STABLE, terão essa surpresa ao fazer o mergemaster. Se resolverem usar o padrão novo basta aceitar as modificações no /etc/login.conf e no final gerar o db dele com: cap_mkdb /etc/login.conf

Lembrando que para usar o sistema novo nas senhas, é necessário recriar as senhas usando o passwd. Ex:

# passwd <user>

Estava mais que na hora do MD5 ser aposentado.